Si creamos un scrip y se nos agrega CRLF al final de cada línea, es probable que no se ejecute.
En Notepad ++ vamos a usar las expresiones regulares para reemplazar por LF, vamos al menú Buscar y elegimos Reemplazar o directamente en el teclado apretamos Ctrl+H
En la ventana tildamos la opción Expreciones regulares y escribimos en Buscar [\r\n]+ y en Reemplazar con: \n y hacemos clic en Reemplazar, Reemplazar todo o en Reemplazar en todos los archivos abiertos.